Presso il Dipartimento di Scienze Umane e Sociali sono attivi tre corsi di Dottorato. Per tutti, la sede amministrativa è l’Università degli studi di Bergamo:

• Scienze Umane e Sociali
• Scienze della persona e nuovo welfare 
• Health and Longevity  - corso di dottorato interamente in lingua inglese, interdipartimentale e in convenzione con l'Istituto Mario Negri. Proponente: dipartimento di Ingegneria Gestionale, dell'Informazione e della Produzione

Fino al XXXV ciclo, è stato attivo il corso di Dottorato: Formazione della persona e mercato del lavoro.